Dieses ehemalige Benediktinerinnenkloster wurde bereits im 12. Jahrhundert gegründet.

Ab Mitte des 15. Jahrhunderts, in Folge einer Reform der Regeln zum Leben im Kloster, stand Marienberg eine eigene Äbtissin vor. Deshalb wird das Klostergebäude heute auch Benediktinerinnenabtei Marienberg genannt. Nach einem verheerenden Brand im Jahr 1738 wurde es im Barockstil neu aufgebaut. Im Zuge der Säkularisation wurde das Kloster aufgelöst und in eine Kaltwasseranstalt umgebaut. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde es bis ins Jahr 1981 von den Ursulinen wieder als Kloster und als Schule verwendet. Seitdem stand das Kloster hauptsächlich leer.

Das Klostergebäude ist seit 2002 Teil des UNESCO-Welterbe Oberes Mittelrheintal. Jedoch ist die Bausubstanz des Gebäudekomplexes in sehr schlechtem Zustand.

Im Jahr 1794 wurde das Kloster von der französischen Armee besetzt und die damalige Abtissin Freifrau Auguste von Mauderode floh mit dem gesamten Konvent auf ein Landgut des Freiherrn von Fries in die Nähe von Frankfurt. Das Kloster diente jetzt als Unterkunft für Generäle und Offiziere, später als Kaserne. Während der Säkularisation hob die französische Regierung vertreten durch den Bopparder Bürgermeister Joseph Foelix am 25. Juli 1802 das Kloster Marienberg und in den folgenden zehn Tagen die übrigen Bopparder Klöster rechtlich auf.

Das Kloster Marienberg einschließlich des Parks wurde nach der Auflösung noch im Jahr 1802 im Rahmen einer öffentlichen Versteigerung in Koblenz für 14.000 Franken an Theodor Doll verkauft. Dieser verkaufte die Orgel der Klosterkirche, die dann in der Karmeliterkirche aufgestellt wurde, ließ die Kirche von Marienberg abreißen und im ehemaligen Klostergebäude eine Baumwollspinnerei einrichteten. Die Geschäfte mit der Spinnerei verliefen aber weniger gut, so dass sie 1822 wieder aufgegeben wurde. Die Töchter von Theodor Doll gründen 1825 im ehemaligen Kloster eine christliche Erziehungsanstalt – ein Mädchenpensionat. Aufgrund des wirtschaftlichen Misserfolges (die Schule konnte in der Spitze nur 40 Schülerinnen verzeichnen) wurde diese nach knapp zehnjährigem Bestehen und dem Tod der Töchter wieder aufgelöst. Der ehemals dort tätige Christian Brentano wurde nun für kurze Zeit Eigentümer der ehemaligen Klosteranlage. 

Der Arzt Dr. Joseph A. Schmitz (1802–1847), ein Schüler von Vincenz Prießnitz, erwarb 1838 Marienberg, das sich inzwischen in einem sehr schlechten Zustand befand, für 18.000 Taler.    Schmitz ließ das zum Teil unbewohnbare Gebäude hauptsächlich im Inneren umfassend renovieren und zu einer Kaltwasserkuranstalt umbauen, aufgrund der erheblichen Investitionen stieg der Gesamtwert der Klosteranlage innerhalb von 10 Jahren auf rund 100.000 Taler an. Außerdem ließ er den Orgelborn, einen kleinen Bergbach im Marienberger Park, neu fassen und in gusseiserne Rohre leiten, wodurch er sich einen Prozess mit der Stadt zuzog. Auch der restliche Teil des Parks wurde erneuert. Trotz des Erfolgs der Wasserheilanstalt verließ Schmitz 1845 die Anstalt und zog mit seiner Familie nach Heidelberg. Anhaltender Ärger mit der Verwaltung der Stadt und seinen Verwaltern hatte ihn zu dieser Maßnahme bewogen. Die ärztliche Leitung übergab er für fünf Jahre dem Arzt Dr. Eduard Hallmann (1813–1855) und die Verwaltung beziehungsweise Überwachung der Renovierungsarbeiten übertrug er Herrn J. J. Delafourgue. Danach übernahm am 1. Mai 1851 Herr Kampmann, der Ehemann der Tochter des mittlerweile verstorbenen Herrn Schmitz, die Direktion und Dr. Ludwig Diemer (gest. 1876) übernahm die ärztliche Leitung. Diemer verließ 1854 die Heilanstalt und ging nach Aachen als Bade- und Brunnenarzt. Zu dieser Zeit hatte Marienberg 150 Zimmer und darunter vier Säle. Im Jahr 1860 wurde der private Betrieb aufgrund einer letztlich tödlichen Erkrankung von Herrn Kampmann in eine Aktiengesellschaft, die „Kurhaus AG“ umgewandelt, um so den Betrieb fortführen zu können, die Leitung übernahm nun Herr Kneip (vormals Bürgermeister in Mayen). Bis 1860 übertrug man die ärztliche Leitung zunächst dem Mitgesellschafter Dr. Sack, indem Dr. Rudolf Kriemer (geb. 1826) die Stellung als dirigierender Arzt bis 1864 übernahm. Nach verschiedenen weiteren Ärzten übernahm im Jahr 1883 Dr. Carl Eugen Hoestermann (1847–1928), späterer Geheimer Sanitätsrat, die ärztliche Leitung und führte die von einer Kaltwasserkuranstalt inzwischen zu einer modernen Wasserheilanstalt umgewandelte Anstalt mit viel Erfolg in das nächste Jahrhundert.

Von 1914 bis 1917 diente das Anwesen von Kloster Marienberg als Lazarett. 1918 erwarb der Ursulinenorden das Kloster Marienberg und betrieb dort eine Internatsschule. Von 1940 bis 1945 diente das von der Regierung beschlagnahmte und von den Ursulinen geräumte Gelände als Reichsfinanzschule. In dieser Zeit wurde der barocke Schalenbrunnen vor dem Hauptgebäude abgerissen, Reste davon sind im südlichen Hof erhalten. 1945 erlitten die Gebäude Kriegszerstörungen durch Bombentreffer, insbesondere am Westflügel.

Im Jahr 1946 wurde das Gebäude den Ursulinen zurückgegeben, die noch im selben Jahr zurückkehrten und zum 1. Oktober 1946 den Betrieb der höheren Mädchenschule die zur mittleren Reife führte, wieder aufnahmen. An die Schule war ein Internat angeschlossen. Nachdem 1969 ein Neubau der Schule auf dem Gelände des Klosters errichtet wurde, konnten ab 1971 auch Jungen zum Besuch der Schule zugelassen werden. Im Schuljahr 1980/81, in dem die höchste Schülerzahl erreicht wurde, gaben die Ursulinen bekannt, die Trägerschaft der Realschule aufzugeben. Maßgeblich Gründe für diesen Entschluss war die Überalterung der Schwestern und die drohenden Renovierungsarbeiten im Kloster, die zu einer erheblichen finanziellen Belastung geführt hätten. Das Internat wurde daraufhin geschlossen und die Schule ab August 1981 durch das Bistum Trier in dem nun zusätzlich erweiterten Neubau östlich des Klosters weitergeführt. Das Klostergebäude und der Park wurden im selben Jahr von den Ursulinen verkauft. 

1981 bis 1984 wurde das Anwesen von der Maharishi-Organisation für eine mönchisch lebende Männergruppe als Akademie genutzt. Am 12. Juli 1982 wurde das Kloster mit seiner Parkanlage als herausragendes Kulturdenkmal von hohem Rang unter Denkmalschutz gestellt. Im Zeitraum von 1984 bis 1996 wechselten Eigentümer und Besitzer der Anlage häufig; das Gebäude stand leer. 1995 wurde der Freundeskreis Marienberg Boppard e. V. mit dem Ziel gegründet, das Anwesen vor dem Verfall zu bewahren und es einer neuen Nutzung zuzuführen. 1996 ersteigerte eine Privatperson das Anwesen, wobei das Gebot deutlich unter dem festgelegten Verkehrswert blieb.

Der Eigentümer wollte das Denkmal später abreißen und klagte bis vor das Oberverwaltungsgericht. Allerdings unterlag er in allen Instanzen.

2012 und 2018 wurde das Kloster nochmal veräußert. Beide Eigentümer hatten vor dort Wohnraum zu schaffen. Mit der seit 2013 vorliegenden Baugenehmigung, will der aktuelle Eigentümer, Eigentumswohnungen im Kloster schaffen. Seit 2018 werden Sicherungsmaßnahmen und Voruntersuchungen durcchgeführt.